ยอดนักสืบจิ๋วโคนัน

ยอดนักสืบจิ๋ว โคนัน เป็นเรื่องเกี่ยวกับ คุโด้ ชินอิจิ นักเรียนมัธยมปลายวัย 17 ปี ที่มีทักษะพิเศษในการไขคดีจนมีชื่อเสียงโด่งดัง ซึ่งวันหนึ่งได้ไปเดทกับโมริ รัน ที่เป็นเพื่อนกันมาตั้งแต่วัยเด็กที่สวนสนุก tropical land และได้ไขคดีการฆาตกรรมบนรถไฟเหาะ ระหว่างทางกลับชินอิจิได้ไปเห็นชายสวมชุดดำเจรจาแลกของต้องสงสัย จึงไปแอบดูการเจรจาดังกล่าว

แต่หารู้ไม่ว่ามีคนขององค์กรแอบอยู่ด้านหลังอยู่จึงถูกทำร้ายและถูกจับกินยา aptx4869 เพื่อสังหารคุโด้ (ยาพิษจะเร่งการตายของเซลล์อย่างเกินการควบคุมจนผู้ทานยาเสียชีวิต) โดยจะไม่มีร่อยรอยยาพิษหลงเหลือในศพของคุโด้

แต่ยากลับผิดพลาดเนื่องจากยังอยู่ในขั้นทดลองจึงไม่ทำให้คุโด้เสียชีวิต แต่กลับทำให้ร่างกายหดเล็กลงกลายเป็นเด็ก เพราะเซลล์เหลือจำนวนน้อยทำให้ร่างกายเล็กลง แต่ไม่ทำให้เสียชีวิต เพื่อจะสืบหาความจริงว่าคนพวกนั้นเป็นใคร และหายาแก้พิษเพื่อที่จะกลับคืนเป็นวัยรุ่นอีกครั้ง

เนื่องจากพ่อและแม่ของชินอิจิไปทำงานถาวรอยู่ต่างประเทศ ชินอิจิในร่างเด็กจึงไปปรึกษา ดร.อากาสะ นักวิทยาศาสตร์สติเฟื่องที่อาศัยอยู่ใกล้บ้านของชินอิจิ ดร.อากาสะเมื่อทราบเรื่องจึงแนะนำให้ชินอิจิสวมบทบาทเด็กประถม และหาชื่อใหม่ชั่วคราวไปก่อน ซึ่งชื่อนั้นก็คือ เอโดกาวะ โคนัน และฝากให้ โมริ โคโกโร่ พ่อของรันที่มีอาชีพนักสืบเอกชนเลี้ยง โดยที่ไม่บอกความจริงกับรันและโคโกโร่ว่าเด็กคนนี้คือชินอิจิ

เพื่อจะติดตามหาชายชุดดำ ชินอิจิ(โคนัน)ต้องหาทางช่วยโคโกโร่ ให้ไขคดีได้อย่างแม่นยำไม่ผิดพลาด เพื่อให้โคโกโร่มีชื่อเสียงโด่งดัง ซึ่งจะทำให้มีผู้จ้างวานไปทำคดีมากขึ้น และจะทำให้มีโอกาสที่จะได้เบาะแสขององค์กรชุดดำมากขึ้นเช่นกัน

แต่เนื่องจากโคโกโร่ เมื่อเห็นโคนันเข้าไปใกล้จุดเกิดเหตุในแต่ละคดี ก็มักเล่นงานโคนัน และดุว่าเด็กๆ อย่ามายุ่งในที่เกิดเหตุ และไม่ค่อยยอมรับความคิดของโคนันเท่าไรนัก โคนันจึงต้องใช้อุปกรณ์ของ ดร.อากาสะ ช่วยในการไขคดี โดยใช้นาฬิกายาสลบ ทำให้โคโกโร่สลบไป และใช้เครื่องเปลี่ยนเสียงรูปหูกระต่าย แปลงเสียงให้เหมือนโคโกโร่ชั่วคราว และพูดไขคดีแทนโคโกโรที่หลับอยู่ ทำให้โคโกโร่ได้รับฉายา โคโกโร่นิทรา โดยที่ตัวโคโกโร่เองก็ไม่ทราบถึงที่มาของฉายา

การสืบหาองค์กรชุดดำและยาแก้พิษที่มีเพียงองค์กรเท่านั้นที่สามารถผลิตยาได้ดำเนินต่อไป โดยที่โคนันเองก็ต้องปกปิดตัวตนของตนให้ได้มากที่สุด เพราะยิ่งมีคนรู้ถึงตัวตนที่แท้จริงของเขามากเท่าไร หากองค์กรไหวตัวทันขึ้นมาก็จะยิ่งมีคนเดือดร้อนมากเท่านั้น